Pada masa ini, sebagai sebahagian daripada kompromi dengan Belanda, Indonesia mengamalkan perlembagaan persekutuan baru yang menjadikan negara itu suatu negara persekutuan yang dipanggil Republik Indonesia Syarikat, yang terdiri dari Republik Indonesia yang sempadan sempitnya ditentukan oleh "Barisan Van Mook", bersama dengan enam negeri dan sembilan wilayah autonomi yang dicipta oleh Belanda. Semasa separuh pertama tahun 1950, negeri-negeri ini secara beransur-ansur membubarkan diri sebagai tentera Belanda yang sebelum ini menyokongnya ditarik balik. Pada bulan Ogos 1950, dengan negara terakhir - Negeri Indonesia Timur - membubarkan dirinya sendiri, Sukarno mengisytiharkan sebuah Republik Kesatuan Republik Indonesia berdasarkan penentuan sementara yang baru dirumuskan pada tahun 1950. Perlembagaan Persekutuan 1949 dan Perlembagaan Sementara 1950 adalah parlimen sifat, di mana pihak berkuasa eksekutif meletakkan Perdana Menteri, dan mana-mana kuasa presiden yang terhad. Bagaimanapun, walaupun dengan peranannya secara formal dikurangkan, beliau mengarahkan kuasa moral yang tinggi sebagai Bapa Negara.

Tahun-tahun pertama demokrasi parlimen terbukti sangat tidak stabil bagi Indonesia. Kabinet jatuh secara berturut-turut kerana perbezaan yang ketara antara pelbagai parti politik dalam Dewan Perwakilan Rakjat (DPR). Terdapat perselisihan yang teruk pada jalan masa depan negara Indonesia, antara kaum nasionalis yang menginginkan negara sekular (yang dipimpin oleh Partai Nasional Indonesia yang pertama ditubuhkan oleh Sukarno), para Islamis yang menginginkan negara Islam (dipimpin oleh Partai Masyumi), dan komunis yang menginginkan negara komunis (yang diketuai oleh PKI, hanya dibenarkan beroperasi semula pada tahun 1951). Di bahagian ekonomi, terdapat rasa tidak puas hati dengan penguasaan ekonomi terus menerus oleh syarikat besar Belanda dan etnik-Cina.

Pemberontak Darul Islam di bawah Kartosuwirjo di Jawa Barat enggan mengakui kuasa Sukarno dan mengisytiharkan NII (Negara Islam Indonesia) pada Ogos 1949. Pemberontakan yang menyokong Darul Islam juga berlaku di Sulawesi Selatan pada tahun 1951, dan di Aceh pada tahun 1953. Sementara itu, ahli-ahli pro-federalisme yang membubarkan KNIL melancarkan kegagalan pemberontakan di Bandung (pemberontakan APRA tahun 1950), di Makassar pada tahun 1950, dan di Ambon (pemberontakan Republik Maluku Selatan tahun 1950).[27]

Selain itu, tentera telah dikoyakkan oleh permusuhan antara pegawai yang berasal dari era penjajah KNIL, yang ingin menjadi tentera profesional kecil dan elit, dan majoriti besar askar yang memulakan kerjaya mereka di PETA yang dibentuk Jepun, yang takut dilepaskan dan lebih dikenali untuk semangat nasionalis atas profesionalisme.

Pada 17 Oktober 1952, pemimpin puak-puak KNIL, Ketua Angkatan Tentera Kolonel Abdul Haris Nasution dan Ketua Staf Angkatan Tentera Tahi Bonar Simatupang menggerakkan tentera mereka dengan menunjukkan kekuatan. Protes terhadap percubaan DPR untuk campur tangan dalam perniagaan tentera bagi pihak puak bekas tentera PETA, Nasution dan Simatupang mempunyai tentera mereka mengelilingi Istana Merdeka dan menunjuk menara tangki mereka di bangunan itu. Permintaan mereka kepada Sukarno adalah bahawa DPR sekarang akan diberhentikan. Atas sebab ini, Nasution dan Simatupang juga menggerakkan penunjuk perasaan awam. Sukarno keluar dari istana dan yakin kedua-dua tentera dan orang awam pulang ke rumah. Nasution dan Simatupang kemudian dipecat. Nasution, bagaimanapun, akan dilantik semula sebagai Ketua Angkatan Tentera selepas diselaraskan dengan Sukarno pada 1955.

Pada 1954, Sukarno telah berkahwin dengan Hartini, seorang janda berusia 30 tahun dari Salatiga, yang beliau berjumpa semasa resepsi. Isterinya yang ketiga, Fatmawati marah dengan perkahwinan keempat ini. Beliau meninggalkan Sukarno dan anak-anak mereka, walaupun mereka tidak pernah bercerai secara rasmi. Fatmawati tidak lagi mengambil tugas sebagai Wanita Pertama, satu peranan yang kemudian diisi oleh Hartini.

Pilihanraya tahun 1955 menghasilkan Parlimen baru dan Perhimpunan Perlembagaan. Keputusan pilihan raya menunjukkan sokongan yang sama untuk kekuatan antagonis PNI, Masyumi, Nahdlatul Ulama, dan parti PKI. Tanpa puak yang mengawal majoriti yang jelas, ketidakstabilan politik dalam negeri terus berlanjutan. Perbincangan di Dewan Perlembagaan untuk menulis satu perlembagaan baru bertemu dengan kebuntuan mengenai isu sama ada untuk memasukkan undang-undang Islam.

Di peringkat antarabangsa, Sukarno menganjurkan Persidangan Bandung pada tahun 1955, dengan tujuan menyatukan negara-negara Asia dan Afrika berkembang menjadi "pergerakan yang tidak sejajar" untuk menentang Amerika Syarikat dan Kesatuan Soviet.[28]

Sukarno tiba untuk mengendong kedudukan dan gangguan yang semakin meningkat dalam kehidupan politik negara. Mengaku bahawa demokrasi parlimen gaya Barat tidak sesuai untuk Indonesia, beliau menyeru sistem "demokrasi berpandu." Sukarno berhujah bahawa di peringkat kampung, soalan-soalan penting diputuskan oleh musyawarah yang panjang yang dirancang untuk mencapai kesepakatan, di bawah bimbingan para penatua desa. Sukarno berpendapat ia sepatutnya menjadi peranan bagi seluruh negara, dengan presiden mengambil peranan yang dipegang oleh ketua kampung. Beliau mencadangkan kerajaan tidak hanya berasaskan kepada parti-parti politik tetapi juga "kumpulan-kumpulan fungsi" yang terdiri daripada unsur-unsur asas negara, yang bersama-sama membentuk Majlis Kebangsaan, yang mana konsensus nasional dapat menyatakan dirinya di bawah bimbingan presiden.

Naib Presiden Mohammad Hatta sangat menentang konsep demokrasi yang dipandu Sukarno. Mengutip perbezaan ini dan lain-lain yang tidak dapat dipertikaikan, Hatta meletak jawatan pada Disember 1956. Persaraan Hatta menghantar gelombang kejutan di seluruh Indonesia, terutama di kalangan etnik bukan Jawa, yang melihat Hatta sebagai wakil mereka dalam pemerintahan yang didominasi oleh Jawa.

Dari Disember 1956 hingga Januari 1957, komander tentera serantau di Sumatera Utara, Sumatera Tengah, dan Sumatera Selatan mengambil alih kawalan kerajaan tempatan. Mereka mengisytiharkan siri dewan tentera yang menjalankan kawasan mereka masing-masing dan enggan menerima pesanan dari Jakarta. Pergerakan tentera serantau yang sama menguasai Sulawesi Utara pada Mac 1957. Mereka menuntut penghapusan pengaruh komunis di kerajaan, bahagian yang sama dalam pendapatan kerajaan, dan pengembalian semula bekas cenderahati Sukarno-Hatta.

Berhadapan dengan cabaran yang serius ini kepada perpaduan republik itu, Sukarno mengisytiharkan undang-undang tentera (Staat van Oorlog en Beleg) pada 14 Mac 1957. Beliau melantik seorang perdana menteri bukan partisan Djuanda Kartawidjaja, sementara tentera berada di tangan Ketua Umumnya yang setia Nasution. Nasution semakin berkongsi pandangan Sukarno tentang kesan negatif demokrasi barat ke Indonesia, dan dia melihat peranan yang lebih besar untuk tentera dalam kehidupan politik.

Sebagai langkah perdamaian, Sukarno menjemput para pemimpin majlis serantau ke Jakarta pada 10-14 September 1957, untuk menghadiri Persidangan Kebangsaan (Musjawarah Nasional), yang gagal membawa penyelesaian kepada krisis. Pada 30 November 1957, percubaan pembunuhan dilakukan terhadap Sukarno dengan serangan bom tangan ketika beliau mengunjungi sebuah sekolah di Cikini, Jakarta Pusat. Enam kanak-kanak dibunuh, tetapi Sukarno tidak mengalami sebarang luka serius. Para pelaku adalah anggota kelompok Darul Islam, di bawah perintah pemimpinnya Sekarmadji Maridjan Kartosuwirjo.

Menjelang Disember 1957, Sukarno mula mengambil langkah serius untuk menguatkuasakan kuasa beliau ke atas negara. Pada bulan itu, beliau menasionalisasi 246 syarikat Belanda yang telah menguasai ekonomi Indonesia, terutamanya NHM, anak syarikat Royal Dutch Shell, Bataafsche Petroleum Maatschappij, Escomptobank, dan "lima syarikat besar" perdagangan Belanda (NV Borneo Sumatra Maatschappij / Borsumij, NV Internationale Crediet-en Handelsvereeneging "Rotterdam" / Internatio, NV Jacobson van den Berg & Co, NV Lindeteves-Stokvis, dan NV Geo Wehry & Co), dan mengusir 40,000 warganegara Belanda yang tinggal di Indonesia semasa merampas harta benda mereka, oleh kerajaan Belanda untuk meneruskan rundingan mengenai nasib Belanda New Guinea seperti yang dijanjikan dalam Persidangan Meja Bulat 1949[29] Dasar nasionalisme ekonomi Sukarno diperkuat dengan mengeluarkan Arahan Presiden No. 10 tahun 1959, yang mengharamkan kegiatan komersial oleh warga asing di kawasan luar bandar. Peraturan ini mensasarkan etnik Cina, yang menguasai ekonomi runcit bandar dan luar bandar walaupun pada hakikatnya pada masa ini hanya sedikit dari mereka yang memiliki kewarganegaraan Indonesia. Dasar ini mengakibatkan penempatan semula penduduk etnik-Cina pedalaman ke kawasan bandar, dan kira-kira 100,000 memilih untuk kembali ke China.

Untuk menghadapi komandan serantau, Sukarno dan Ketua Angkatan Tentera Nasution memutuskan untuk mengambil langkah drastis berikutan kegagalan Musjawarah Nasional. Dengan menggunakan pegawai serantau yang tetap setia kepada Jakarta, Nasution telah menganjurkan beberapa "rampasan serantau" yang menggulingkan komandan pembangkang di Sumatera Utara (Kolonel Maludin Simbolon) dan Sumatera Selatan (Kolonel Barlian) pada Disember 1957. Ini mengembalikan kawalan pemerintah ke kota-kota utama dari Medan dan Palembang.

Pada Februari 1958, komandan pemisah yang masih ada di Sumatera Tengah (Kolonel Ahmad Hussein) dan Sulawesi Utara (Kolonel Ventje Sumual) mengisytiharkan Gerakan PRRI-Permesta yang bertujuan menggulingkan pemerintah Jakarta. Mereka disertai oleh ramai ahli politik awam dari Parti Masyumi, seperti Sjafruddin Prawiranegara yang menentang pengaruh komunis yang semakin meningkat. Berikutan retorik anti-komunis mereka, pemberontak menerima wang, senjata, dan tenaga kerja dari CIA dalam kempen yang dikenali sebagai Nusantara. Sokongan ini berakhir apabila Allen Lawrence Pope, seorang juruterbang Amerika, ditembak jatuh selepas serbuan pengeboman ke atas kerajaan yang dipegang Ambon pada April 1958. Pada bulan April 1958, kerajaan pusat bertindak balas dengan melancarkan serangan udara tentera laut dan laut di Padang dan Manado, pemberontak ibu kota. Menjelang akhir tahun 1958, pemberontak telah dikalahkan secara ketenteraan, dan band gerila pemberontak yang terakhir menyerahkan diri pada bulan Ogos 1961.[30][31]